熙宁四年（1071年）苏轼上书谈论新法的弊病。王安石很愤怒，让御史谢景在皇帝跟前说苏轼的过失。苏轼于是请求出京任职：熙宁四年至熙宁七年（1074年）被派往杭州任通判、熙宁七年秋调往密州（山东诸城）任知州、熙宁十年（1077年）四月至元丰二年（1079年）三月在徐州任知州、元丰二年四月调往湖州任知州。革新除弊，因法便民，颇有政绩。
乌台诗案
元丰二年（1079年），苏轼四十三岁，调任湖州知州。上任后，他即给皇上写了一封《湖州谢表》，这本是例行公事，但苏轼是诗人，笔端常带感情，即使官样文章，也忘不了加上点个人色彩，说自己“愚不适时，难以追陪新进”，“老不生事或能牧养小民”，这些话被新党抓了辫子，说他是“愚弄朝，妄自尊大”，说他“衔怨怀怒”，“指斥乘舆”，“包藏祸心”，讽刺政府，莽撞无礼，对皇帝不忠，如此大罪可谓死有余辜了。他们从苏轼的大量诗作中挑出他们认为隐含讥讽之意的句子，一时间，朝廷内一片倒苏之声。这年七月二十八日，苏轼上任才三个月，就被御史台的吏卒逮捕，解往京师，受牵连者达数十人。这就是北宋着名的“乌台诗案”（乌台，即御史台，因其上植柏树，终年栖息乌鸦，故称乌台）。
乌台诗案这一巨大打击成为他一生的转折点。新党们非要置苏轼于死地不可。救援活动也在朝野同时展开，不但与苏轼政见相同的许多元老纷纷上书，连一些变法派的有识之士也劝谏神宗不要杀苏轼。王安石当时退休金陵，也上书说：“安有圣世而杀才士乎？”在大家努力下，这场诗案就因王安石“一言而决”，苏轼得到从轻发落，贬为黄州（今湖北黄冈）团练副使，本州安置，受当地官员监视。苏轼坐牢103天，几次濒临被砍头的境地。幸亏北宋时期在太祖赵匡胤年间既定下不杀士大夫的国策，苏轼才算躲过一劫。
出狱以后，苏轼被降职为黄州（今湖北黄冈市）团练副使（相当于现代民间的自卫队副队长）。这个职位相当低微，并无实权，而此时苏轼经此一役已变得心灰意冷，苏轼到任后，心情郁闷，曾多次到黄州城外的赤壁山游览，写下了《赤壁赋》、《后赤壁赋》和《念奴娇·赤壁怀古》等千古名作，以此来寄托他谪居时的思想感情。于公余便带领家人开垦城东的一块坡地，种田帮补生计。“东坡居士”的别号便是他在这时起的。
东山再起
1084年（元丰七年），苏轼离开黄州，奉诏赴汝州就任。由于长途跋涉，旅途劳顿，苏轼的幼儿不幸夭折。汝州路途遥远，且路费已尽，再加上丧子之痛，苏轼便上书朝廷，请求暂时不去汝州，先到常州居住，后被批准。当他准备要南返常州时，神宗驾崩。常州一带水网交错，风景优美。他在常州居住，既无饥寒之忧，又可享美景之乐，而且远离了京城政治的纷争，能与家人、众多朋友朝夕相处。于是苏东坡终于选择了常州作为自己的终老之地。
1085年，宋哲宗即位，高太后以哲宗年幼为名，临朝听政，司马光重新被启用为相，以王安石为首的新党被打压。苏轼复为朝奉郎知登州（蓬莱）。四个月后，以礼部郎中被召还朝。在朝半月，升起居舍人，三个月后，升中书舍人，不久又升翰林学士知制诰，知礼部贡举。当苏轼看到新兴势力拼命压制王安石集团的人物及尽废新法后，认为其与所谓“王党”不过一丘之貉，再次向皇帝提出谏议。他对旧党执政后，暴露出的腐败现象进行了抨击，由此，他又引起了保守势力的极力反对，于是又遭诬告陷害。苏轼至此是既不能容于新党，又不能见谅于旧党，因而再度自求外调。
筑建苏堤
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苏堤
元佑四年（1089年），苏轼任龙图阁学士知杭州。由于西湖长期没有疏浚，淤塞过半，“崶台平湖久芜漫，人经丰岁尚凋疏”，湖水逐渐干涸，湖中长满野草，严重影响了农业生产。苏轼来杭州的第二年率众疏浚西湖，动用民工20余万，开除葑田，恢复旧观，并在湖水最深处建立三塔（今三潭映月）作为标志。他把挖出的淤泥集中起来，筑成一条纵贯西湖的长堤，堤有6桥相接，以便行人，后人名之曰“苏公堤”，简称“苏堤”。苏堤在春天的清晨，烟柳笼纱，波光树影，鸟鸣莺啼，是着名的西湖十景之一“苏堤春晓”。
“东坡处处筑苏堤”，苏轼一生筑过三条长堤。苏轼被贬颍州（今安徽阜阳）时，对颍州西湖也进行了疏浚，并筑堤。绍圣元年（1094年），苏轼被贬为远宁军节度副使，惠州（今广东惠阳）安置。年近6旬的苏轼，日夜奔驰，千里迢迢赴贬所，受到了岭南百姓热情的欢迎。苏轼把皇帝赏赐的黄金拿出来，捐助疏浚西湖，并修了一条长堤。为此，“父老喜云集，箪壶无空携，三日饮不散，杀尽村西鸡”，人们欢庆不已。如今，这条苏堤在惠州西湖入口处，像一条绿带，横穿湖心，把湖一分为二，右边是平湖，左边是丰湖。
流落儋州
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苏轼《潇湘竹石图》
苏轼在杭州过