帝国在感受到宇宙控制权的便利与优势后，开始对地星发起新一轮进攻，直接从卫星轨道降落地星。
短短数月，帝国便占领了月球的新月基地，以及地星近乎一半的领土。
但联邦作为地星的统治者，依然具有强大的掌控力，新兵器在地星数量又十分充足的情况下，双方再次陷入僵持状态。
新历86年，银星帝国最新的宇宙要塞“紫霄”完工，开始投入使用。
至此，“镇宇”、“紫霄”两座宇宙要塞，加上之前夺取的月球基地“新月”，实现三位一体联动，帝国完成了宇宙空间防卫线。
同年时间，联邦在五号移民卫星研发的新兵器已经完成，包括新型宇宙战舰“白孔雀”号，以及五架新型人形兵器，代号分别为“银甲”、“金甲”、“天甲”、“神机”、“神衍”。
新兵器将被运往新建立的七号移民卫星，进行最后的测试。
但谁都没有想到，就在新兵器将要转移时，帝国军官兰灵杰在收到一些讯息后，带着一队帝国侦察特战兵潜入五号移民卫星。
兰灵杰发现联邦新兵器后，果断尝试夺取。在与守卫的联邦士兵交战后，成功夺取其中4架。
就在他们准备夺取最后一架“神衍”时，神衍却突然启动。
而驾驶神衍的，是五号移民卫星上，工业大学的一名学生，季斯。他在参观新兵器附近所在的工业园区时，被卷入其中。
因缘巧合下，成功登上并启动了“神衍”。自此，季斯卷入了联邦与帝国双方的战争中。
在这场争夺战中，新的人形兵器展现出压倒性的强大，给整个世界带来了十分震撼的影响。
而季斯以一个新手的身份，在初战中就成功击毁“天甲”。并在闻讯而来的“银色激光”，兰灵杰的攻势下，撑到联邦援军出现，亦展现出他机师方面的绝对天赋。
随着联邦援军出现，兰灵杰和幸存的手下，带着缴获的“神机”以及“金甲”和“银甲”及时撤退。
此战，联邦损失巨大，只剩一艘宇宙战舰白孔雀号和一架“神衍”。原定白孔雀号的乘舰人员，大部分丧命其中，新兵器驾驶员的几人皆亡。
最后，联邦援军随行的军官见习生，蔡坤意外临危受命，接任舰长。其他乘舰人员也多是联邦新人，甚至与季斯同行的几名同学也因为特殊情况被强行征召。
在几乎都是新手和年轻人的情况下，白孔雀号开始突围离开五号移民卫星，前往七号移民卫星。
因为兰灵杰以及帝国的不断追击，白孔雀号只能暂时放弃前往七号移民卫星，转向前往地星，以期获得资源补给以及进行人员调整。
在前往地星的途中，白孔雀号遇到了为吊唁“群星的陨落”事件三周年而回归的，五号移民卫星吊唁追悼队。
彼时，追悼队正被宇宙海盗追击和袭击。经过一番搭救，季斯操纵“神衍”，救下了幸存的追悼队几人，并结识了十分出名的宇宙歌姬，明美。
之后，追悼队幸存的几人，顺势加入白孔雀号。
当白孔雀号进入月球卫星“守月”附近时，遭到了猛烈地拦截。
原来，一路追击而来的兰灵杰，已与银星帝国，地星军总司令袁丕会合。两人都是帝国军中的杰出将领，自然给白孔雀号带去了巨大压力。
在这种压力下，蔡坤兵行险着，冒险设下埋伏计。可惜，该计策早已被兰灵杰发现，但兰灵杰却故意将袁丕引入白孔雀号的埋伏，最终使袁丕葬身在白孔雀号的炮火下。
其实，兰灵杰的真实身份，是已故的林克之子，他原名林杰。袁桂亥发动叛乱时，他因碰巧不在六号移民卫星，逃得一命。
他平时戴着特制面具，便是为了不让人认出他的真实面目。
兰灵杰在银星帝国从军，为的就是向袁桂亥复仇，欲将其一家毁灭。袁桂亥的第二子袁丕，便是他开启复仇之路的第一个祭品。
经“守月”的战斗后，白孔雀号最终成功进入地星。
而袁丕之死，直接引发银星帝国的强烈反应，袁桂亥长子袁桀辛，向整个联邦发表声明，将展开更强势的攻击为袁丕复仇。
此时的联邦，虽然被夺去三架新的人形兵器，但数据依然在。
在季斯等人的出色表现下，联邦确定了新兵器的强大，以最适合量产的“天甲”为基础，开始大量生产。
五号移民卫星当初同意帮助联邦开发新兵器，便是知道，想要保证自身的中立地位，不受影响，就需要拥有自保的力量，打铁还需自身硬。
如今，因为参与过新兵器的开发，五号移民卫星也已生产出拥有自身特色的保卫型新兵器。也因此得以继续独立在联邦与帝国之外。
而帝国也在加紧对人形兵器的解密和研发的同时，开始重启“新人类”研究，并与人形兵器结合起来，以期发挥更强的力量。
在这场旷日持久的逃离与追击战中，季斯快速成长。从在兰灵杰攻击下难以抵挡，渐渐变成旗鼓相当，不分上下，两人成为了宿敌。
在此期间，季斯还从兰灵杰处得知了自己的身世，他也是曾经帝国“新人类”研究下，诞生的孩子，还是其中最完美的一批。
当时的众多实验体，因为研究的终止，被陆续被销毁。只有少数实验体得以幸免，季斯便是其中之一。阴差阳错之下，得以生活在五号移民卫星。
新历86年末，联邦发动地星夺回战，大量新型量产人形兵器，“地甲”被投入使用。
帝国方面，因驻地星总司令袁丕的身亡，暂时群龙无首。最终，联邦获得大胜利，地星重回联邦之手。
以此为契机，联邦正式开始反攻帝国，甚至发动了“新月”攻略战，整个战局的形势似乎在逐渐逆转。
季斯在战役中，大败帝国“黑色三角箭”小队，表现十分出色亮眼。正因为此，“新人类”也逐渐被联邦所重视起来。
新历87年，面对长达数年的战争，以及不利的战况，年事已高的皇帝袁桂亥，终于决定与联邦进行和谈。