却说宋江平定三寇，收兵欲回山自守，不想军停六和寺，坐化了鲁智深，出家了武松。
宋江追封鲁智深为义烈昭暨禅师，封武松为清忠祖师。
正欲统军回山时，又病死了杨志、杨雄、时迁，瘫了林冲，就留林冲于六合寺被武松照顾。后林冲半载而亡，武松年至八十善终。
行军途中，又辞去了燕青、李俊、童威童猛。后李俊出海为暹罗国主，用童威童猛为官。
及回山时，宋江及麾下文武只剩二十七人，即：
顺天帝宋江
军师、监军吴用
副军师、破阵将军朱武
大司马、北地王卢俊义
大将军、荆王关胜
后车骑将军呼延灼
右车骑将军花荣
左车骑将军朱仝
卫将军孙立
水军都督阮小七
大司农柴进
副司农、安东将军李应
钱粮支出纳入使蒋敬
情报总探、安西将军戴宗
哨兵中郎将顾大嫂
哨兵校尉孙新、杜兴
步军前军正将、安南将军李逵
步军左营中郎将邹润
步军右营中郎将穆春
降魔将军樊瑞
炮兵将军凌振
镇山将军黄信
锦豹中郎将杨林
赏功罚罪军政司孔目裴宣
庆功（兼平时）宴席使宋清
行刑廷尉蔡庆。
至此，宋江兵势锐减，恐宋兵征讨，便叫戴宗下山打探。不想戴宗奉命去了，却留了书信，言下之意：若探得敌情必回山禀报，若无敌情且容臣弟出家去罢。
后戴宗果出家不归。
宋江叹息不已，宋清安排宴席请文武痛饮。不想阮小七悲二兄阵亡，饮酒醉了，竟把宋江所穿皇袍扯下，自己穿了。
宋江吃了一惊，大怒，喝斩阮小七。众文武苦苦告免方止。宋江怒气未消，将阮小七贬为庶民，赶下山去。
阮小七回了石碣村，依旧打渔为生，奉养老母，以终天年，后来寿至六十而亡。（水浒原文修改）。
至此，梁山水军无主，四散去了。
柴进、李应杜兴见梁山前途渺茫，各向宋江辞官。宋江因悔阮小七之事，苦留不住，各赐千金放还。后柴进无疾而终，李应杜兴为富豪得善终。
宋江时幸山寨无事。不想宋朝勾结金国，贿以金帛粮米，使为前部攻打梁山。
宋江急命大司马卢俊义督诸将把守各关各寨，遣大将军关胜操练兵马，派后车骑将军呼延灼、左车骑将军朱仝引重兵敌金军，令卫将军孙立领镇山将军黄信、炮兵将军凌振、哨兵中郎将顾大嫂、哨兵校尉孙新引本部兵马防宋兵。
却说关胜训练两拨兵马，使一拨与呼延灼、朱仝统领破敌去了，自饮酒少歇，却闻呼延灼阵亡，乃上马欲领军杀敌，不想酒醉失足落马，得病而亡。
孙立诸将竟皆被宋兵生擒。
幸得朱仝大破金军，得胜而归。宋兵见金军败了，方才退去。
宋江闻诸将事，厚葬二将，封：朱仝为骠骑将军，行大将军事。
梁山经此一役，兵势又减，粮草紧缺。宋江犹虑宋朝来攻，便提宋清为典农校尉，使兴屯田，不想仍辞去了朱武、樊瑞、裴宣、杨林、蒋敬、穆春、蔡庆。
梁山之上只剩宋江、卢俊义、吴用、花荣、李逵五人数千人马。
宋朝探知梁山势弱，方举大军围山，直逼三关、宛子城。
宋江几无计可施，只得遣花荣保吴用携百金偷出山去，妄图集结旧将并招兵马来救。
宋兵知宋江无能为了，并无阻拦。
宋帝仍下旨招安宋江等人，赐与御酒。
宋江情知时已难敌，遂领众人受了招安，饮了御酒，不曾想是毒酒。
卢俊义大怒，强行下山复战，冲突至金沙滩，杀敌一千，直至毒性发作，方落水而死。
李逵只恐宋兵杀上山对宋江无礼，便侍候左右，寸步不离。
手下士卒感主将义气，坚守着宛子城不失。
宋清屯田方回时，见宋江李逵已死，便将二人葬于蓼儿洼。
宋兵见宛子城守兵不降，不战而退，撤围而走。
吴用、花荣未集结得人马，探知宋兵已撤围，便回山去了，不想宋江等已被毒死。二人哭拜毕，双双自缢于宋江墓碑前树上。
宋清见诸人皆亡，只得引众出降。